Comparé au manga, l'approche et les informations sur les diclonius diffèrent sur certains points. Le virus diclonius est expliqué plus brièvement et avec moins de précisions. Dans l'anime, tous les diclonius ont des cheveux variant entre le rouge, le violet et le rose alors que dans le manga Lucy/Nyu a les cheveux roses, ceux de Nana sont violet foncé et Mariko est blonde Les diclonius semblent aussi avoir un nombre limité de vecteurs ce qui n'est pas le cas dans le manga

Des personnages qui apparaissent dans les soixante premiers chapitres du manga en théorie couvert par l'anime n'apparaissent pas, comme par exemple, Nozomi, une connaissance de Yuka De même, la boîte à musique qui joue la mélodie du générique d'ouverture Lilium n'apparaît pas dans le manga.